GGGenome｜Central Scientific Commerce, Inc.

高速塩基配列検索ツール

GGGenome パッケージ版

核酸医薬品の安全性評価に最適な
正確で漏れがなく高速な類似配列検索を
オフラインで実現

核酸医薬品は一般的に20塩基程度と短いため、BLASTなどの従来の塩基検索ツールでは正確な検索が困難です。さらに、核酸医薬品の標的部位によっては、mRNA配列に加えてpre-mRNAの塩基配列が必要となる場合もありますが、そのためのデータベースは整備されていませんでした。

GGGenomeは、短い塩基配列に特化したアルゴリズムに基づく、正確かつ網羅的な検索システムです。pre-mRNAの塩基配列を体系的に収録したD3Gデータベースを内蔵しており、既に承認済みの核酸医薬品の安全性評価において豊富な実績を有しています。

GGGenomeパッケージ版は、オンライン版の機能に創薬開発に必要な機能を追加したシステムです。

GGGenomeの特徴


短い塩基配列を高速に検索	正確なミスマッチ・インデル・あいまい検索	核酸医薬品の安全性評価における信頼と実績
核酸医薬品は20塩基前後と短い配列が多いので、安全性評価を効率的に行えます。	核酸医薬品の安全性評価で必須の検索を正確かつ簡単に行えます。	核酸医薬品の承認申請において、信頼のある検索結果としてご利用いただけます。


オフラインで検索可能	検索制限の緩和	注目遺伝子ハイライト機能	検索支援スクリプトで簡単に一括検索
USB（SSD）で動作するため、外部に秘匿情報が漏れることはありません。	サーバーへの負担を考慮した検索制限を緩和しているので、効率的に検索を行なえます。	膨大な検索結果から重要なものだけ簡単に抽出することができます。	複数の検索を一括に行うなどの操作を、UI画面から行えるのでだれでも効率的に検索できます。

2025年版で更新された機能

オリジナル検索UI画面を追加し、これまでは、核酸医薬品の標的と似た塩基配列をもとに、オフターゲット候補を探していましたが、本製品では、候補となる遺伝子の名称による絞り込みや、類似配列が遺伝子のどの部分にあたるのか（コーディング領域なのか、エクソンなのか、ジャンクションなのか）を、視覚的かつ直感的に把握できるようになりました。検索結果は、必要な情報を選択して出力できます。

同梱データベース

GGGenome 創薬基本パック　2025年版
検索用データ（生物種9種、41データベース）
D3G / RefSeq は全て最新版

※D3GはAMEDゲノム創薬基盤推進研究事業河合班（2017～2022年度）において構築され、現在は川路班「ゲノム情報を活用した新規創薬ターゲットの探索等の基盤整備に関する研究」（2023年度～）により維持されています。核酸医薬の創薬と薬事で広く用いられており、GGGenome ウェブ版からも検索できます。

共通オプション

• オプションデータベース：DBCLSの公開するウェブ版GGGenomeで検索可能なデータベースを追加できます
• カスタムデータベース：独自の塩基配列データベースを追加することも可能です

動作環境

本製品は64bit版Windowsに対応しています。
✓ Windows 11 Pro version 21H2 以上、もしくはEnterprise / Education version 21H2 以上
✓ Windows 10 Pro 21H1　以上、もしくは Enterprise / Education 20H2 以上
✓ Hyper-Vの有効化(VMWareなどの仮想化ソフトと排他になる可能性があります)
✓ メモリ: 8GB以上 (Docker for Windowsに最低4GB以上割り当てる必要があります)

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